發(fā)表文獻(xiàn)網(wǎng)址： https://doi.org/10.1007/s00432-020-03166-1

摘要

2020年3月3日， 北京協(xié)和醫(yī)院病理科曾瑄教授團(tuán)隊(duì)在《Journal of Cancer Research and Clinical Oncology》發(fā)表題為 “ALK detection in lung cancer: identification of atypical and cryptic ALK rearrangements using an optimal algorithm” 的研究論文，該研究使用新羿TD-1數(shù)字PCR平臺(tái)，采取融合誘導(dǎo)的不平衡轉(zhuǎn)錄分析（Fusion-induced asymmetric transcription assay， FIATA）策略，比較了逆轉(zhuǎn)錄微液滴數(shù)字PCR（RT-ddPCR）法與IHC和FISH在非小細(xì)胞肺癌ALK融合檢測(cè)中的優(yōu)勢(shì)，并提出了更優(yōu)化的臨床ALK檢測(cè)策略。

研究背景

間變性淋巴瘤激酶（ALK）基因融合變異是非小細(xì)胞肺癌（NSCLC）中的一類(lèi)重要驅(qū)動(dòng)突變，突變率5-7％。ALK基因的常見(jiàn)融合伴侶是棘皮動(dòng)物微管相關(guān)蛋白4（EML4），近年還發(fā)現(xiàn)了其他較少見(jiàn)的融合伴侶基因，如TFG，KIF5B，HIP1和KLC1等。大約80％的ALK融合變異為EML4–ALK融合，20％為ALK與其他伴侶基因的融合。NSCLC的ALK融合變異對(duì)crizotinib，ceritinib，alectinib，brigatinib和lorlatinib等ALK抑制劑表現(xiàn)出良好的響應(yīng)性。因此，對(duì)ALK融合變異狀態(tài)的準(zhǔn)確評(píng)估對(duì)于NSCLC的治療至關(guān)重要。

方法與結(jié)果

研究選取了182例石蠟組織（FFPE）標(biāo)本，分別用RT-ddPCR、IHC和FISH方法檢測(cè)，對(duì)三種方法不一致或異常的標(biāo)本用NGS、RT-PCR或RNA原位雜交（RNAscope）法進(jìn)行驗(yàn)證。檢測(cè)結(jié)果發(fā)現(xiàn)，RT-ddPCR法檢測(cè)出63例ALK陽(yáng)性標(biāo)本，IHC和FISH法各檢測(cè)出62例ALK陽(yáng)性標(biāo)本，經(jīng)過(guò)對(duì)不一致標(biāo)本進(jìn)行驗(yàn)證，RT-ddPCR結(jié)果全部正確，IHC和FISH各有1例假陰性。RT-ddPCR還發(fā)現(xiàn)了2例標(biāo)本中ALK表達(dá)模式異常，經(jīng)驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)1例標(biāo)本中存在罕見(jiàn)的融合異質(zhì)性，標(biāo)本中同時(shí)有EML4-ALK (E7:E14)和DGKI-ALK (E29:E16)，結(jié)果如下圖：

檢測(cè)ALK基因5′端RNA低表達(dá)情況，使用新羿dPCR平臺(tái)，可以檢出低至5′端1.6拷貝RNA表達(dá)量，驗(yàn)證5′端低表達(dá)情況。

5例結(jié)果不一致或異常的標(biāo)本驗(yàn)證結(jié)果如下表：

基于以上結(jié)果，研究者認(rèn)為：

1）三種方法沒(méi)有發(fā)現(xiàn)假陽(yáng)性，而IHC和FISH都存在假陰性，所以在臨床實(shí)踐中更應(yīng)關(guān)注假陰性問(wèn)題。

2）臨床實(shí)踐中，IHC陰性標(biāo)本往往不會(huì)用FISH或NGS復(fù)核，導(dǎo)致假陰性患者失去靶向治療機(jī)會(huì)， 而RT-ddPCR可以最大限度減少假陰性。

3）FISH檢測(cè)會(huì)受主觀因素影響，有部分標(biāo)本因判讀困難而導(dǎo)致漏檢，結(jié)果不如RT-ddPCR客觀。

4）NGS方法也會(huì)有一定比例的假陰性，且實(shí)驗(yàn)流程和數(shù)據(jù)分析復(fù)雜，檢測(cè)周期長(zhǎng)。

5）基于熒光定量PCR的RT-PCR法只能檢測(cè)部分已知融合，也會(huì)有假陰性。

綜合以上發(fā)現(xiàn)，研究者提出了在臨床實(shí)踐中更優(yōu)化的ALK檢測(cè)方案：如先用RT-ddPCR和IHC進(jìn)行篩查，對(duì)結(jié)果不一致的標(biāo)本再用FISH或NGS或RT-PCR復(fù)核。該策略的優(yōu)勢(shì)是準(zhǔn)確性好，可以最大限度避免假陰性；檢測(cè)時(shí)間短；性?xún)r(jià)比高。如下圖：

研究結(jié)論

該研究很好體現(xiàn)了數(shù)字PCR技術(shù)在檢測(cè)基因融合變異方面的優(yōu)勢(shì)，結(jié)合FIATA策略，不受融合伴侶和融合位點(diǎn)影響，能夠準(zhǔn)確發(fā)現(xiàn)導(dǎo)致ALK基因轉(zhuǎn)錄異常的基因融合，同時(shí)檢測(cè)已知和未知融合變異，避免假陰性，而且實(shí)驗(yàn)操作簡(jiǎn)單，檢測(cè)周期短，性?xún)r(jià)比高。

作者簡(jiǎn)介

劉媛媛為該論文的第一作者，曾瑄教授為論文的通訊作者。

參考文獻(xiàn)

Liu, Y., Wu, S., Shi, X. et al. ALK detection in lung cancer: identification of atypical and cryptic ALK rearrangements using an optimal algorithm. J Cancer Res Clin Oncol (2020).
https://doi.org/10.1007/s00432-020-03166-1