摘要

北京協(xié)和醫(yī)院病理科曾瑄教授團隊在《Thoracic Cancer》發(fā)表題為 “Clinical evaluation of the effectiveness of fusion-induced asymmetric transcrip-tion assay-based reverse transcription droplet digital PCR for ALK detection in formalin-fixed paraffin-embedded samples from lung cancer” 的研究論文，該研究使用新羿TD-1數(shù)字PCR平臺，采取融合誘導(dǎo)的不平衡轉(zhuǎn)錄分析 (Fusion-induced asymmetric transcription assay, FIATA) 策略，對逆轉(zhuǎn)錄微液滴數(shù)字PCR（RT-ddPCR）法檢測肺癌間變性淋巴瘤激酶（ALK）重排的可行性進行評價，該研究還分析了ALK RNA水平與腫瘤細胞含量、FISH陽性細胞百分比及不同陽性信號類型之間的相關(guān)性。研究結(jié)果表明，該方法能快速、準(zhǔn)確且客觀地識別ALK狀態(tài)，具有潛在臨床應(yīng)用價值。

主要結(jié)果與新發(fā)現(xiàn)

對269例經(jīng)熒光原位雜交（FISH）和免疫組化（IHC）雙確認ALK狀態(tài)的福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）的肺癌樣本進行基于FIATA的數(shù)字PCR分析。在89例ALK陽性和180例ALK陰性樣本中：

1）ALK陽性組的最低ALK 3’端表達水平顯著高于ALK陰性組的最高ALK 3’端表達水平，如圖1。

2）基于FIATA的RT-ddPCR檢測ALK 融合方法，靈敏度為100% (95%置信區(qū)間，94.8–100%)，特異性為100% (95%置信區(qū)間，97.4–100%)，準(zhǔn)確性100% (269/269)，ROC曲線如圖2。

3）在ALK陽性樣本中，癌細胞比例與ALK RNA表達水平呈正相關(guān) (P<0.05)，如圖3。

4）FISH陽性細胞百分比或信號類型（紅綠分離BA或單紅IR）與ALK RNA表達水平（R3）無相關(guān)性，如圖4。

5）其他發(fā)現(xiàn)：檢出一例FISH和IHC雙陰性的樣本（94號），其ALK全長基因均顯示為轉(zhuǎn)錄本高拷貝數(shù)，而非常見的僅ALK3’端高表達，測序未發(fā)現(xiàn)融合伙伴基因和其它相關(guān)變異，這種特殊的ALK狀態(tài)的生物學(xué)意義尚待進一步探索。

圖1：89例ALK陽性組與180例ALK陰性組表達水平

圖2：基于FIATA的RT-ddPCR檢測ALK 融合ROC曲線

圖3：組織切片中癌細胞比例與ALK RNA表達水平的關(guān)系

圖4：FISH陽性細胞百分率和FISH陽性信號模式與ALK RNA表達水平的關(guān)系。a：FISH陽性細胞百分率和FISH陽性信號模式與ALK RNA表達水平的關(guān)系，BA紅綠分離，IR單紅；b1，b2：BA信號模式樣本（例39）；c1，c2：IR信號模式樣本（例32）

基于FIATA的RT-ddPCR法檢測ALK融合變異的優(yōu)勢

1）不受融合伙伴基因種類和融合位點的影響，理論上可檢出全部已知和未知的融合變異

2）基于RNA的絕對定量檢測，更能反映融合基因的表達水平

3）檢測結(jié)果客觀，排除了人為判讀結(jié)果中主觀因素可能導(dǎo)致的偏差

4）實驗操作和數(shù)據(jù)分析簡單方便，檢測周期短，適合臨床使用。

這是繼2020年3月3日北京協(xié)和醫(yī)院病理科曾瑄教授團隊在《Journal of Cancer Research and Clinical Oncology》發(fā)表題為 “ALK detection in lung cancer: identification of atypical and cryptic ALK rearrangements using an optimal algorithm” 的研究論文之后，使用新羿TD-1數(shù)字PCR平臺對非小細胞肺癌ALK融合檢測的姊妹篇，鑒于相關(guān)研究已顯示出現(xiàn)有的檢測手段均具有一定程度的固有局限性，因此該研究在前期工作的基礎(chǔ)上，進一步評估并驗證了基于FIATA的RT-ddPCR法檢測肺癌ALK狀態(tài)的臨床可行性及其特點與優(yōu)勢。

作者介紹

北京協(xié)和醫(yī)院病理科劉媛媛為該論文的第一作者，曾瑄教授為論文的通訊作者。

參考文獻

Yuanyuan Liu, Shafei Wu, Xiaohua Shi, Linping Lu, Lingxiang Zhu, Yong Guo, Li Zhang & Xuan Zeng, Clinical evaluation of the effectiveness of fusion-induced asymmetric transcription assay-based reverse transcription droplet digital PCR for ALK detection in formalin-fixed paraffin-embedded samples from lung cancer, Thoracic Cancer,2020, doi: 10.1111/1759-7714.13535