發(fā)布日期:2022-01-06
近日,北京協(xié)和醫(yī)院徐英春教授團隊與清華大學醫(yī)學院郭永研究員團隊合作,建立了一種基于微液滴數(shù)字PCR(dPCR)平臺對呼吸道標本中耶氏肺孢子菌(P.jirovecii)靈敏檢測的方法,對比了dPCR與qPCR兩種方法分別在痰液與支氣管肺泡灌洗液(BALF)中的檢測情況。兩者的檢測結果的一致性好,且dPCR的檢出率更高,不一致的結果經(jīng)宏基因組測序(mNGS)進行了確認。此外還比較了dPCR與qPCR技術在對接受磺胺類藥物治療患者連續(xù)采樣監(jiān)測時的檢出性能,dPCR在低病原載量時表現(xiàn)更為優(yōu)越。該研究結果于2021年12月22日在Frontiers in Medicine上發(fā)表。
耶氏肺孢子菌(P.jirovecii)是一種條件致病真菌,可導致免疫抑制人群發(fā)生嚴重的機會感染肺炎——肺孢子菌肺炎(Pneumocystis pneumonia,PCP),P.jirovecii在呼吸道中的定植與感染有關,因此在免疫抑制人群中檢測P.jirovecii十分重要。然而,呼吸道樣本中擴增抑制物的存在及樣本中病原體載量低的情況,使qPCR法在臨床檢測中有漏檢情況,數(shù)字PCR平臺具有靈敏度高、擴增抑制物耐受性好的特點,因此有望在呼吸道標本中檢測P.jirovecii精準診斷上發(fā)揮重要作用。
該研究回顧性的對98位非HIV免疫抑制的疑似PCP患者開展研究。針對82位患者的BALF樣本,qPCR的檢出率為39.02%(32/82),采用新羿生物數(shù)字PCR儀器和試劑的dPCR檢出率為43.90%(36/82),兩種方法的檢測一致性為95.12%(78/82),其中4例不一致的為dPCR陽性而qPCR陰性,隨后經(jīng)mNGS驗證確認樣本為陽性。針對37位患者的痰液樣本,qPCR的檢出率為40. 54%(15/37),dPCR的檢出率為62.16%(23/37),兩種方法的檢測一致性為78.37%(29/37),其中共計8例不一致的為dPCR陽性而qPCR陰性。
此外,研究收集了9位確診PCP且接受了磺胺類藥物治療患者的連續(xù)標本,其中4位患者每人收集了2個連續(xù)的BALF標本,5位患者收集了2個連續(xù)的痰液標本,樣本分別為接受治療前與治療過程中采集的。分別使用dPCR與qPCR方法進行檢測,結果顯示在接受治療后所有患者的樣本中病原體載量均有下降,部分患者的標本在接受治療后使用qPCR無法檢出,而dPCR仍可檢出。
北京協(xié)和醫(yī)院檢驗科助理研究員伊潔博士、清華大學醫(yī)學院王楠博士為該研究共同第一作者。北京協(xié)和醫(yī)院檢驗科主任徐英春教授、清華大學醫(yī)學院郭永研究員為該研究的共同通訊作者。本項目的研究受到了中國醫(yī)學科學院北京協(xié)和醫(yī)院、“侵襲性真菌病機理研究與精準診斷”北京市重點實驗室、疑難重癥及罕見病國家重點實驗室、清華大學等單位的支持。
原文鏈接:
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmed.2021.761788/full
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